מסלול הנח"ל מציע בחירה במסלול צבאי, שמטרתו להיות מקפצה משמעותית לחיים קהילתיים, משמעותיים ובלתי מנוכרים. מטרת המסלול לאפשר לקבוצה בעלת מכנה משותף ערכי, חברתי ורעיוני לפעול במסגרות צבאיות וקהילתיות שונות, כקבוצה בעלת זיקה לתנועה משלחת, ותחת חסותה.  
 
המסלול כולל:
1. פרק הקמה-  3 חודשים לפני הגיוס. אוגוסט- נובמבר. מתקיים בחנתון.
2. פרק צבאי-  20 חודשים.  מגוון תפקידים וייעודים: לוחמים בגדוד 50, לוחמים ולוחמות בברדלס, תפקידי מעטפת בגדוד 50, במדור נח"ל ובבסיסים שונים, מסלול משקיות הוראה, מסלול מכיו"ת טירונים, מדנ"יות בסיס ועוד.
3. פרק משימה- 12 חודשים. הגרעין חוזר לחיות יחדיו במשך שנה, במיקום עירוני, בדירה משותפת. פועלים בבתי ספר ובקבוצות נוער אחה"צ.
4. בט"ש (רק לגברים)- 3 חודשים אחרונים לשירות, חזרה לתפקידים צבאיים.
5. לאחר השחרור, הגרעין יכול לבחור להצטרף לתנועת בוגרי התנועה, לחיות יחדיו כקהילה בכל מיקום שיבחרו ברחבי הארץ, ולהמשיך לפעול יחדיו בחברה והקהילה שסביבם.

​

ואלה הגרעינים שלנו: